2010年至2013年墨西哥流行的猪流感全基因序列分析

来源：湖南新南方养殖服务公司 2015-05-11 17:51:25| 查看：次

中国养猪网讯:

　　引言

　　在德国猪群中流行的甲型流感病毒(IAV)体现了养殖行业和人类健康的重要经济负担。猪是中间宿主，流感病毒在猪体内高效复制，然后传染给人，正如2009年猪源流感H1N1的流行。

　　IAV以基因组大和抗原多样性为特征。在世界范围内，加强对流感病毒宿主的监控来更好地了解IAV的多样性和动态循环特点，评估出现新毒株的风险，及更好地实施预防和控制措施。

　　猪养殖在墨西哥是一个重要的产业。但是墨西哥有很多猪场对当前流行的IAV及其与美国和加拿大流行的猪流感病毒的亲缘关系都知之甚少。

　　本文描述了2010年至2013年在墨西哥不同猪场分离到的50株以上的IAV病毒，及其全基因测序和进化树分析。结果显示与美国类似，墨西哥猪流感的流行病学也相当复杂，每年都有多种亚型流行，包括
N1N1、N1N2和H3N2。

　　材料与方法

　　鼻拭子样本来自2010年至2013年墨西哥猪流感爆发期间的6个农场。细胞分离病毒或者是鸡胚分毒，提取病毒作模板，用流感通用引物进行RT-PCR检测。将纯化的cDNA剪切成250 bp片段和扩增子序列
库，利用illumina DNA技术测序，包括3，-末端加入碱基A修饰，连接配体，选择片段长度和标签引物的LM-PCR(连接介导PCR)。基因文库复合化(每栏有24个样本)，利用illumina HiSeq 2500测序。

　　用单端100 nt测定序列过滤掉低质量的序列和配体，用Trinity 的Inchworm组件帮组收获全长序列。

　　使得每个病毒的编码全序列与美国典型的猪流感序列以及之前报道的墨西哥的猪流感序列一致。利用GARLI Version 0.96b8.将1000份样本分析进化树关系。

　　结果

　　结果显示，与美国和加拿大描述的猪流感病毒类似，这三种亚型(N1N1、N1N2和H3N2)与猪流感病毒的少数血清型正在墨西哥流行。所有这三种亚型都能在同一年里、同一地区找到，强调流感病毒在墨西
哥呈多样化流行。

　　结论与讨论

　　本文结果极大地增加了最近几年猪流感多样性和传播的信息，对控制策略有很重要的启示作用，包含疫苗的发展和评估。