一个公司的不同地点之间的蓝耳病毒的遗传和地理多样性
来源：湖南新南方养殖服务公司 2015-06-02 16:18:29| 查看：次引言
目前有很多关于PRRSV传播与流行模式的假说：根据人类是否干预进行分类。分析PRRSV不同毒株之间的遗传和地理距离，可以洞察病毒传播途径，由此作为控制疾病的重要工具。遗传和地理距离之间的正相关性可能支持由风和野生动物载体传播病毒的距离依赖性传播理论。反之，无正相关性则要求进一步调查PRRSV的远距离传播（比如：运输工具和猪精途径）。本研究分析在一个猪管理和咨询公司的农场之间PRRSV分离株间的遗传距离与地理距离的关系。
材料与方法
603的ORF5核酸序列来自诊断报告。使用BioPortal®生成矩阵比较比较所有的核酸序列。从某公司获得猪场的物理位置，并用谷歌地图转换为经度和纬度。地理距离利用PASSaGE2来计算，生成矩阵比较所有核酸的坐标。曼特尔检验比较两种生成的矩阵，利用XLStat®分析，置信区间为95%，显著差异水平P=0.05。
结果
从25个站点分离到25株病毒用 XLStat®分析。用曼特尔检验遗传距离（25x25）和地理距离（25x25）。假设矩阵之间没有相关性；备选假设相关性成立。曼特尔检验统计分析地理距离与核算相似度的相关性为r（AB）=0.082。统计分析10，000排列表明无显著关系(P = 0.147)。
图1 曼特尔检验统计数值用于原假设，定义地理原始距离与核算相似度的无相关性。红色箭头的文职表示统计数值(r（AB）=0.082，原假设在接受范围内 P= 0.147)，该数值来源于原始的，非改动数值，来自频率分布曲线中生成的10000个数据的随机排列。
结论与讨论
双重变量曼特尔检验的结果拒绝原假设，因为计算的P值大于α=0.05。表明地理距离、基因组距离之间和相应站点之间没有直接的关联。假设PRRSV通过距离依赖性方式传播，肯定不成立，进一步调查可变的，非距离依赖方式的传播，例如通过交通工具。这是新分析方法的初步探索。兽医和养猪业利用本类型的研究结果确定生物安全距离和资源的优先分配，从而通过提高生物措施来控制PRRSV传播。
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