1、原种被国外控制
高端种猪生产位于生猪产业链的顶端，利润大，技术含量高，是养猪业的核心竞争力，是养猪强国的重要标志，也是我国养猪业最薄弱的环节。
我们不妨回顾下近5年以来中国从国外引进种猪的数量：2009年引进2488头，2010年引进2918头，2011年引进7166头，2012年引进12580头，2013年14312头。
从这些数字上来看，中国已成为名副其实的世界最大种猪进口国，同时也导致中国常年只能充当养猪强国“打工者”的角色。造成这种现象有一个重要原因---“长期重引进轻选育”，从而陷入“引种—退化—再引种”的怪圈，可叹可悲。
中国复杂的地形结构造就了世界上最多的地方品种，1986年《中国猪品种志》和联合国粮农组织（FAO）统计，中国现有地方猪种48个。中国是世界上猪种资源最丰富的国家，占全球猪种的34%。尽管地方猪有诸多的优良品质，但最大的问题在于经济效益。
在我们国内，由于市场对高瘦肉率猪种的过度追求和经济利益的驱使，规模化猪场绝大部分都是饲养商业化非常成功的专门化品系，地方猪要么被杂交改良，要么被挤到偏远山村，由于中国人对土猪肉的偏爱得以苟延残喘，虽然开发了”白猪肉黑猪皮”的品种,但没有真正对地方品种进行合理利用。
目前生猪出栏量基本接近峰值，未来10年内人们对猪肉的需求绝对是求优、求精，如果还想用目前的快大猪（鸡）平淡的口味去满足市场需求，成为市场的主流，利润空间肯定不会高到哪儿去。
3、饲料资源匮乏
我国饲料资源匮乏有两大原因：一是消费量大，二是技术不过关，造成的浪费现象严重。
自从养猪规模化开始，玉米—豆粕型日粮就成为主流，但中国的饲用玉米、豆粕均无法自给自足，依赖进口。就以前的数据来看，14年全国玉米产量21567.3万吨，国内消费总量为18900万吨，其中饲料消费为11700万吨，较上年度增加450万吨，预计进口玉米270万吨，14年我国大豆进口总量为7140万吨，同比增加12.7%，而国内产量仅1200万吨。
据测算：2020和2030年我国饲料用粮将分别占粮食总量43、50。随着人民生活水平的不断提高，人们对畜产品的需求量日益增大，人畜争粮矛盾日趋突出，饲料资源不足已经成为制约我国养猪业发展的瓶颈问题。
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一方面由于粮食供需平衡的脆弱，导致饲料原料供应紧张，尤其是蛋白质饲料资源严重依赖进口;另一方面，由于在饲料原料应用研究方面投入不足，可利用氨基酸为基础配方技术推广不力，非常规饲料资源开发力度不够，加之中国饲料转化效率偏低，造成了现有资源的严重浪费。
纯种猪的利润空间应该在1000-2000元/头，一个投资2.1亿的十万头原种场，如果30%的种猪能卖出去，其资本回报率可高达20~40%，但如何才能当种猪卖出去，并稳定客户群体，将完全依赖强悍的技术团队去开发市场契合度高的种猪，用强悍的售后服务团队去稳定客户群体，并从企业层面整合上游饲料、中游商品猪、下游屠宰加工及市场等各环节，完善整个产业链，建立策略联盟，才能实现稳定的共赢。未来10年畜牧公司必须进行自我定位，才能适者生存。
4.疫病严重
随着我国养猪业的扩大，养猪数量上去的同时，猪的疾病种类也越来越多，养殖户是防不胜防。
一方面原有的对猪威胁较严重的疾病尚未得到全面、有效的控制，如大肠杆菌病、猪瘟、口蹄疫等。
另一方面，由于种猪和疫苗的进口，一些新的传染病也随之带入，如猪的繁殖呼吸综合征、断奶仔猪多系统衰竭综合征等，目前尚无有效的防治办法。
我国对养猪生产环境中有害微生物和有害气体的快速检测和控制、环境的消毒管理规程、卫生控制的规范、卫生控制标准等还缺乏系统研究，加之种猪交流的频繁和商品猪流通的无序状态，防疫体系不完善，疾病的综合防制措施不力，严重地危害了养猪业的发展。
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